最後の手段は、それしかないと思う。
しかしバックアップを取っていても、原因を治さないと同じ繰り返しになる。
以下は、現在のところ、私が取っている対策です。

「copy」ツールの「特別」にマイナス指定でする反転コピーした途端に壊れる時。
「モーション」の「シーケンス」のチェックを外したり付けた途端に壊れる時。

モーションやスキン設定されたデータを別ジョイント内にインポートした時。
他のジョイントの影響を受けるデータを別のジョイントに内包させた時。
その他、スキンの設定方法を間違えた時。
その他、影響ジョイントの位置関係が違う時。（兄弟であるべきが親子になってるとか。）

基本的に、スキン設定したパートに対して、MOVE ツールを使っても構わないし、 シーケンスやモーション設定の動作のまま保存して、反転コピーしても構わないが、何かの時、壊れる時が有る。
確実なのは、半身削除前に、それらをリセットしたファイルも、マメに保存する事。